1550 König Ferdinand I. wendet sich an Ignatius von Loyola mit der Bitte um Entsendung von zwei Theologen für Vorlesungen an der Universität sowie zur Gründung eines Kollegiums.

1551 treffen die ersten Jesuiten in Wien ein.

1552 kommt Petrus Canisius nach; er predigt, hält Vorlesungen und wird von König Ferdinand mit der Abfassung eines Katechismus beauftragt.

1623 Die Jesuiten übernehmen die Lehrstühle der humanistischen, philosophischen und theologischen Disziplinen. Sie erhalten die dazugehörigen Gebäude und Bursen, verpflichten sich, ihr eigenes Kolleg der Universität anzugliedern und im Zuge der baulichen Umgestaltung auch eine Kirche und ein Verwaltungsgebäude zu errichten.

1631 im Mai Kirchweihe durch Kardinal Dietrichstein. Am 31. Juli (zur 75. Wiederkehr des Todestages des hl. Ignatius) kommen auf dem Wasserweg aus Innsbruck fünf Glocken.

1702 Kaiser Leopold I. holt den Jesuitenbruder Andrea Pozzo nach Wien.
Dieser hat von 1703-1705 als Architekt, Bildhauer und Maler der Kirche ihre heutige hochbarocke Gestalt verliehen.

1705 stirbt Leopold I. Der Jesuiteneinfluss an der Universität wird geringer.

1773 Aufhebung der Gesellschaft Jesu (damals gab es in Wien 350 Jesuiten). Kirche und Kollegium fallen dem Staat zu.

1814 Wiederherstellung der Gesellschaft Jesu durch Papst Pius VII.

1827 Restaurierung des Innenraums der Kirche durch Johann Peter Krafft.

1848 Vertreibung der Jesuiten aus Österreich.

1852 Wiederherstellung der Gesellschaft Jesu für die ganze Monarchie durch Kaiser Franz Joseph.

1856 Der Kaiser übergibt den Jesuiten die Universitätskirche und im angrenzenden Gebäude Raum für Wohnung und Akademikerseelsorge.

1892 Anstelle der zwei Seitenfenster an der Eingangsfront der Kirche werden Seitenportale geöffnet (Folge des Ringtheaterbrandes?).

1896-1914 komplette Innenrestaurierung: größere Eingriffe bei den Deckenfresken.

1934 wie schon vor 1773 wird erneut gestattet, die Gruft der Kirche als Begräbnisstätte der Jesuiten zu gebrauchen.

1986-1998 Außen- und Innenrestaurierung der Kirche.

1998 am 14. Mai feierliche Eröffnung mit dem Theatrum Mundi HIERLANDA (durch falschheit zu feir verdamte unschuld, Laas, Südtirol 1791).

2004 Pfingsten: Orgel mit 3 Manualen und 41 Registern der Fa. Hartwig Späth, Freiburg im Breisgau, wird geweiht.

Für die Seelsorge an der Kirche sind bis heute die Jesuiten verantwortlich.